Évaluation des risques microbiologiques

L’identification des dangers est, et restera, une étape essentielle de la sécurité des aliments. Le travail d’identification des dangers nécessite de croiser différents types d’information : études académiques, synthèse bibliographiques, fiches de dangers préparés par les agences, données de surveillance sur les prévalences et concentrations, système d’alerte rapide, remontées des toxi-infections à l’échelle d’un pays, données de santé publique, etc.

L'analyse microbiologique des aliments est un des outils déployés à la fois par les entreprises et les pouvoirs publics en sécurité des aliments. Ce chapitre catégorise les méthodes utilisées pour la détection et le dénombrement des agents pathogènes, avec leurs avantages et leurs limites. Les méthodes courantes mais aussi les plus prometteuses telles que celles basées sur le séquençage de nouvelle génération sont présentées au travers d’exemples.

Dans l'évaluation quantitative des risques microbiologiques, l'évaluation de l'exposition vise à décrire dans quelle mesure les consommateurs ingèrent le danger microbiologique identifié. Ce chapitre présente de façon didactique, au travers d’exemples développés sous R (R CoreTeam), la modélisation de l’exposition de la fourche à la fourchette, avec des étapes d’inactivation, de recontamination, de croissance microbienne.

Ce chapitre s’inscrit dans la caractérisation du danger, une des quatre étapes de l’évaluation du risque. Il traite de la pathogénicité et de la virulence associés aux principaux agents microbiens susceptibles d’être présents dans les aliments. Les mécanismes pathogéniques tels que la colonisation du tube digestif, l'adhésion aux cellules épithéliales intestinales, l'invasion des tissus, la translocation sont décrits à l’aide de moult illustrations.

Ce chapitre s’inscrit dans la caractérisation du danger, une des quatre étapes de l’évaluation du risque. Il est totalement dédié aux modèles dose-réponse, c’est-à-dire aux modèles mathématiques reliant la quantité de microorganismes ingérés via la consommation d’un aliment (la dose) à la probabilité d'infection et de maladie de l’hôte (la réponse).

La caractérisation des risques, étape finale de l'évaluation des risques, peut être utilisée pour prendre des décisions en matière de gestion des risques. Ce chapitre introduit les différentes sorties d’une évaluation de risque : nombre de cas, années de vie en bonne santé perdues (DALY), coûts associés à la maladie, etc. Il revient également sur l’importance de la prise en compte de l’incertitude et de la variabilité dans la caractérisation, notamment en vue de son utilisation par le gestionnaire du risque.